Ksiądz sprzedający fałszywe medaliki o cudownych właściwościach zostaje spalony żywcem przed swoim kościołem. Okoliczności zbrodni jasno wskazują na powrót Inkwizytora, mordercy, który według policji nie żyje od dwóch lat.

W tym samym czasie uzdrowiciel celebryta Jan Sarna dostaje list świadczący o tym, że dotychczasowy porządek został zakłócony, a morderca rozpoczyna kolejny krwawy cykl. Szybko okazuje się, że w tej rozgrywce czas jest najcenniejszą walutą, gdyż z dnia na dzień i bez żadnego ostrzeżenia stosy ponownie zaczynają płonąć.

Jak to możliwe, że niesławny Inkwizytor wrócił i wkroczył ponownie na ścieżkę zbrodni? A może za morderstwo odpowiedzialny jest jego naśladowca? Na uzdrowicieli, znachorów i wróżbitów pada blady strach. Zaczynają się łowy.

Inkwizytor Arnold Lowefell staje się coraz potężniejszym członkiem Wewnętrznego Kręgu Inkwizytorium.
Cały czas usiłuje nie tylko odzyskać pamięć o swojej tajemniczej i mrocznej przeszłości, ale zmierzyć się z sekretami i wielopiętrowymi intrygami dręczącymi Święte Oficjum.
Płomień i Krzyż II to również opowieść o niezwykłych kobietach: o potężnej wiedźmie służącej obecnie chrześcijanom, o czarodziejce swobodnie przemierzającej demoniczne wymiary, o perskiej magini ognia, a także o najsłynniejszej z nich wszystkich - heroinie z antycznych czasów - Valerii Flawii, inkwizytorii Jego Świątobliwości.
Właśnie te kobiety odcisną piętno na losach Świętego Oficjum. One również zdecydują o przyszłości całego chrześcijańskiego świata.